《科学小飞侠Crowds SP》延续了该系列故事，以未来的新东京为舞台。故事中，“J9”组织的科学小飞侠们继续守护着城市的和平。主角小鸟游音羽拥有特殊能力，她积极活跃，带领伙伴们对抗邪恶势力。在这个过程中，他们面临着各种挑战，比如神秘组织妄图利用高科技手段控制城市、引发社会混乱。音羽和队友们凭借智慧和能力一次次化解危机。同时，作品也探讨了科技发展与人性、社会现象等问题，如人们对超能力的依赖和滥用。故事充满热血战斗场面，也不乏温馨感人的伙伴情谊，情节跌宕起伏，展现了一个充满奇幻与冒险的世界。