《魔法先生第二季》延续第一季剧情，涅吉·史普林菲尔德继续在麻帆良学园担任 2 - A 班的老师，同时肩负着培养 31 名女学生成为优秀魔法师的重任。本季中，校园生活依旧热闹非凡，学生们各自有着不同的成长与烦恼。神乐坂明日菜在感情上更加纠结，一方面对涅吉有着特殊的情愫，另一方面又因各种状况难以表达。 学园里不断有新的魔法事件发生，涅吉带领学生们应对神秘组织的威胁。他们在战斗中逐渐成长，学会团队协作，发挥出各自魔法的强大力量。同时，学生们之间的友情也在一次次冒险中得到升华。在这个充满魔法与欢笑的学园里，涅吉和学生们共同书写着一段段精彩又难忘的故事。