《小飞龙剧场版》围绕着主角阿钟展开奇幻冒险。阿钟拥有特殊能力，能与海洋生物交流。在影片中，神秘邪恶势力妄图掌控海洋，破坏海洋生态平衡，引发各种灾难。阿钟得知后，决心挺身而出拯救海洋。他结识了海豚阿琪等伙伴，在它们的帮助下，踏上寻找传说中海洋宝物的艰难旅程。一路上，他们遭遇了凶猛的海怪、恶劣的海况等重重阻碍。但阿钟凭借着勇气、智慧和与伙伴们的默契配合，一次次化险为夷。最终，阿钟集齐宝物，释放出强大力量，击败邪恶势力，让海洋恢复了往日的平静与生机。