《巴哈姆特之怒GENESIS》构建了一个人类与神明、魔物共存的奇幻世界。故事中，女神米斯塔尔为拯救人类，将灵魂注入圣像并沉睡。人类在神的庇佑下生活，然而战神贝尔泽布布却煽动魔神们发动叛乱，打破了长久的和平。人类少年法瓦罗，是个靠猎杀魔物为生的赏金猎人，他与天使加百列意外相遇，二人一同踏上旅程。在旅途中，他们结识了歌姬莎夏等伙伴，卷入了神与魔的纷争。各方势力围绕着巴哈姆特的力量展开激烈争夺，法瓦罗等人在一次次战斗中成长，也逐渐揭开了世界背后隐藏的真相，而他们的抉择将影响整个世界的命运走向。