《.hack//根源》围绕网络游戏《The World》展开。主角少年黑崎在游戏中邂逅少女美咲，二人在虚拟世界相伴冒险。然而美咲突然陷入昏迷，被判定为患上“THE WORLD 综合症”。黑崎为寻找拯救美咲的方法，深入游戏调查。在这个过程中，他结识了一群志同道合的伙伴，他们一起揭开游戏背后隐藏的黑暗秘密。随着调查的推进，他们发现游戏中的异常现象与现实世界有着千丝万缕的联系，背后似乎有一股神秘势力在操控一切。黑崎等人能否突破重重困难，拯救美咲并解开游戏的谜团，成为故事的核心看点。