《特公TOKKO》的故事围绕着神秘组织特公展开。特公是专门处理超自然事件、对抗邪恶妖怪的特殊机构。主角之一的橘亘，原本是个普通青年，却因特殊能力被招募进特公。他在组织中结识了伙伴，如冷静强大的天野银次。 在执行任务过程中，他们遭遇了各种形态诡异、能力各异的妖怪。这些妖怪会在城市的暗处兴风作浪，给人类带来灾难。橘亘在一次次战斗中逐渐成长，从最初的青涩变得坚毅果敢。同时，组织内部也并非风平浪静，存在着权力斗争和不为人知的秘密。随着剧情推进，橘亘等人不断揭开背后隐藏的巨大阴谋，他们能否凭借自身力量守护人类世界，阻止邪恶势力的阴谋得逞，成为故事的一大看点。