《灼眼的夏娜3》延续前作剧情，围绕着火雾战士夏娜和高中生坂井悠二展开。此时，世界陷入了动荡不安，“祭礼之蛇”坂井悠二为了实现创造理想世界的目标，与夏娜等人站在了对立面。夏娜依旧秉持着守护人类的信念，在与悠二的对峙中痛苦挣扎，她既深爱着悠二，又不得不履行火雾战士的职责。玛琼琳、威尔艾米娜等伙伴也全力支持夏娜。在战斗过程中，各方势力纷纷登场，有帮助悠二的徒，也有与夏娜并肩作战的火雾战士。最终，夏娜和悠二在经历了无数次的战斗与内心的纠葛后，找到了化解矛盾的方法，世界恢复了和平，他们也在成长中对彼此的感情有了更深的理解。