《萝球社SS》围绕着男主角长谷川昴展开。长谷川昴曾是篮球高手，因受伤告别赛场。后来他成为了慧心学园小学部篮球社的顾问教练，带领着由五个可爱小学女生组成的篮球社。这五个女生分别是身材娇小但球技出色的凑智花，性格开朗的香椎爱莉，冷静理智的袴田日向，傲娇的镜游，以及天真烂漫的筑山樱。在长谷川昴的指导下，篮球社不断成长，她们参加各种比赛，在赛场上挥洒汗水、奋力拼搏。过程中，不仅有紧张刺激的比赛对决，还有队员们之间的友情升温、与教练的深厚情谊，以及各种轻松有趣的校园日常故事，展现出青春与活力的美好。