《纳粹猎人第一季》故事围绕着少年乔纳展开，他和祖母相依为命，祖母去世后，乔纳意外发现祖母曾被纳粹迫害，这一发现让他的生活发生巨变。乔纳结识了一群反纳粹猎人，他们包括激进的迈耶、身怀绝技的丽芙卡等。猎人们发现大量纳粹战犯隐藏在美国，正密谋实施“诸神的黄昏”计划，妄图重塑白人至上的世界。于是，乔纳加入猎人群体，和他们一起开始了对纳粹战犯的猎杀行动。在这个过程中，他们遭遇重重困难，不仅要面对狡猾的纳粹分子，还要应对来自政府等方面的压力。同时，乔纳也在行动中逐渐成长，从一个普通少年转变为勇敢的战士，和伙伴们为了正义与纳粹展开了惊心动魄的较量。