《X档案 第五季》延续了前作的神秘风格，主角依旧是联邦调查局探员穆德和史考莉。本季中，穆德对超自然现象的执着探索和史考莉基于科学理性的态度碰撞不断，却又在一次次案件中相互支持。在“Unusual Suspects”一集中，他们调查一个能控制他人心智的嫌疑人，嫌疑人利用超能力制造混乱，案件充满诡异色彩。而在“Bad Blood”里，穆德和史考莉卷入吸血鬼传说相关的案件，充满悬疑与惊悚。同时，本季也进一步深入主线剧情，穆德对妹妹失踪真相的追查有了新线索，神秘组织的阴谋逐渐浮出水面，让观众在一个个独立案件的侦破中，始终被主线剧情紧紧吸引。