《星际之门：亚特兰蒂斯 第一季》围绕着探险队在亚特兰蒂斯的经历展开。罗德尼·麦凯博士发现了古代人留下的星际之门地址，探险队通过星际之门来到了遥远的飞马星系的亚特兰蒂斯城。这座城市被古代人遗弃，充满了神秘与危险。探险队成员包括约翰·谢帕德上校、伊丽莎白·魏尔博士等。他们在亚特兰蒂斯遭遇了各种挑战，比如强大的外星种族幽灵族，幽灵族以人类的生命能量为食，不断对亚特兰蒂斯发起攻击。同时，探险队还与当地的一些外星种族建立联系，有友好的，也有敌对的。在探索过程中，他们不断解开古代人的科技秘密，利用这些科技来对抗幽灵族和应对其他危机，努力在这个陌生的星系中生存并揭开更多的谜团。