《蓝皮书计划第二季》延续前作，聚焦美国空军的“蓝皮书计划”。主角海尼克博士依旧投身于对不明飞行物（UFO）现象的调查研究中。在这一季里，案件更加离奇复杂。有一次，一个小镇上多位居民声称看到了散发奇异光芒、形状怪异的飞行物，并且该飞行物还对当地的电力系统造成了影响。海尼克博士和搭档福勒特工迅速前往调查，他们不仅要面对民众的恐慌，还要应对来自军方高层的压力，高层要求他们尽快给出合理的解释以平息舆论。随着调查深入，他们发现这些UFO事件背后似乎隐藏着一个巨大的阴谋，涉及到神秘组织和未知的科技力量。他们在追寻真相的过程中，不断突破重重阻碍，每一次新的发现都让他们离真相更近一步，同时也陷入更深的危险之中。