《秘行要员》讲述了国家安全企划部特殊要员们的故事。国情院要员朴哲真在执行任务时，意外发现自己的搭档兼好友李泰俊似乎另有图谋。泰俊为了达到自己的目的，不惜背叛组织，甚至将枪口对准了昔日的同伴。哲真陷入了两难的境地，一边是多年的友情，一边是国家的利益和正义。在调查过程中，哲真结识了同样在追查真相的女记者，两人携手揭开了一个涉及高层腐败和阴谋的巨大黑幕。他们不仅要面对来自敌人的追杀，还要应对来自内部的猜忌和压力。最终，哲真凭借着自己的智慧和勇气，成功阻止了阴谋的发生，将幕后黑手绳之以法。