在《被不良少年盯上第三季》中，故事围绕着性格软萌的高中生小林展开。小林依旧被不良少年团体中的头目阿豪盯上，阿豪表面上凶神恶煞，实则内心善良。本季开始，阿豪因误会以为小林在背后说他坏话，便故意在学校各个角落堵小林，让小林陷入无尽的恐慌。但随着相处，阿豪发现小林其实是个热心肠的人，误会逐渐解开。与此同时，学校里转来了新的不良少年团体，他们试图挑衅阿豪的团体，争夺学校的“统治权”。小林在这个过程中，凭借自己的智慧和勇气，帮助阿豪化解了多次危机，两人的关系也变得更加深厚。最终，阿豪的团体成功击退了新的不良少年团体，学校恢复了往日的平静，而小林和阿豪也建立了别样的友谊。