《特工插班生》讲述了特工之子扎克的故事。扎克的父亲是一名特工，在一次任务中不幸牺牲。为了完成父亲未竟的任务，扎克被安排进入一所学校，以插班生的身份潜伏。在学校里，扎克面临着诸多挑战。他不仅要适应新的学习环境和同学关系，还要时刻留意可疑人物和线索。他结识了善良的同学艾米丽和聪明的托德，三人逐渐成为好友，并一起卷入了一场危险的阴谋。随着调查的深入，扎克发现学校里隐藏着一个邪恶组织，他们企图利用学校的科研成果实施恐怖计划。扎克凭借着父亲传授的特工技能和自己的智慧，与伙伴们一起与邪恶势力展开了激烈对抗，最终成功阻止了阴谋，守护了学校和大家的安全。