《荒原城堡 731》以侵华日军的细菌部队 731 部队为背景。影片中，731 部队在荒原城堡中进行着惨无人道的细菌实验。主人公之一的秋叶子是日本军医，她来到这里后，逐渐被眼前的血腥和残暴所震惊。部队里，活人被当作实验品，进行着各种细菌感染、毒气测试等非人的折磨。秋叶子内心产生了挣扎和反抗，她试图阻止这些暴行，但在残酷的现实面前，她的力量微不足道。同时，被关押的中国同胞们也在绝境中进行着不屈的抗争。影片通过真实而残酷的画面，深刻揭露了 731 部队的罪恶行径，展现了人性的善恶交锋以及战争的残酷与无情。