《利维坦号战记》的故事设定在一个蒸汽朋克风格的另类历史世界。在这个世界里，第一次世界大战爆发，不过科技发展方向与现实不同，存在着生物科技与机械科技两大阵营。主人公亚历克斯是奥匈帝国的一位年轻贵族，因皇室遭遇刺杀而被迫踏上逃亡之路。黛安娜则是英国空军利维坦号飞艇上的一名机械师。利维坦号是一艘由各种生物组合而成的超级战舰。亚历克斯在逃亡中与利维坦号相遇，随后加入其中。他们一同在战火纷飞的世界中冒险，经历了无数次与敌方机械部队和生物兵器的激烈战斗，在这个过程中，亚历克斯和黛安娜等人建立了深厚的情谊，也逐渐揭开了战争背后隐藏的巨大阴谋，他们努力阻止战争的进一步恶化，为和平而战。