《莉可丽丝》的故事围绕着咖啡厅“LycoReco”展开，这里表面上是一家普通咖啡厅，但实际上是一个秘密组织“DA”的掩护场所。主角锦木千束是个天真烂漫、活力四射的女孩，同时也是一名优秀的莉可丽丝（执行特殊任务的少女特工）。她与冷静沉稳的井之上泷奈组成搭档。 起初，泷奈因任务失败被派到千束身边，她对千束自由奔放的行事风格很不理解。然而在一次次执行任务中，两人逐渐建立起深厚的羁绊。她们要面对各种危险的敌人和复杂的阴谋，比如恐怖组织妄图破坏城市的计划。在这个过程中，千束和泷奈不断成长，不仅提升了战斗能力，也更加懂得了友情和信任的重要性。最终，她们凭借着彼此的默契和坚定的信念，成功化解危机，守护了城市的和平，也让她们的友谊更加牢不可破。