铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。此次他以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的飞船“铃木号”为诱饵，邀请基德前来盗取。柯南、小兰等人也一同登上了飞船。然而飞行途中，一伙恐怖组织劫持了飞船，他们企图利用细菌武器引发全球性恐慌。基德也混入了飞船，他与柯南不得不联手应对危机。在与恐怖分子的周旋中，柯南展现出卓越的推理和应变能力，一次次化解难题。基德也发挥自身专长，协助柯南。期间还闹出不少乌龙，比如小兰误将基德认成新一。最终，柯南和基德成功挫败恐怖分子阴谋，保护了飞船上众人的安全，“天空的贵妇人”也物归原主。