《X档案：我要相信》故事中，曾经调查超自然事件的福克斯·穆德隐退多年，达娜·斯嘉丽则在天主教慈善医院工作。此时，联邦调查局特工莫妮卡·贝茨和皮肤癌患者杰拉尔德·海伯格找到斯嘉丽，希望她能说服穆德出山协助调查一起联邦探员失踪案。原来，一名探员在执行秘密任务时失踪，而海伯格声称自己通过梦境看到了案件相关线索。穆德和斯嘉丽不得不重新面对那些神秘莫测的事件。他们深入调查，发现案件背后隐藏着惊人的秘密，涉及到政府的阴谋和超自然力量。在寻找失踪探员的过程中，他们遭遇了各种危险和挑战，也逐渐揭开了真相的面纱。