《淘气小亲亲》围绕平凡少女相原琴子和天才少年入江直树展开。琴子在学校新建的校舍中向直树告白，却因地震让告白信被对方看到，还惨遭拒绝。然而命运弄人，琴子家的房子因地震倒塌，她和父亲只好借住在父亲好友家中，而这家正是直树家。此后，琴子开启了与直树的同居生活。在相处过程中，琴子不断努力靠近直树，即便总是被他冷漠对待，也没有放弃。直树虽然表面上对琴子诸多嫌弃，但内心也渐渐发生了变化。两人在生活的点滴中，感情逐渐升温，经历了一系列有趣又感人的故事。