《少年骇客：变身之谜》聚焦于少年本·坦尼森的奇幻冒险。本偶然间得到了神秘的外星装置Omnitrix，它能让本变身为各种强大的外星生物。在一次外星生物入侵小镇的危机中，本首次使用Omnitrix变身为四手霸王，成功击退了敌人，由此开启了他的英雄之旅。然而，Omnitrix背后隐藏着巨大的秘密，邪恶势力也对其虎视眈眈。本在好友格文和凯文的陪伴下，一边应对学校生活中的小烦恼，一边不断与外星反派战斗。他们在冒险中逐渐揭开Omnitrix的神秘面纱，也明白了守护世界和平的重任。