《天才萌宝复合计划》围绕着天才萌宝展开一系列精彩故事。萌宝的父母因误会而分开，萌宝不忍心看到家庭破碎，于是凭借自己的聪明才智制定了复合计划。萌宝先是巧妙地安排父母在各种场合“偶遇”，制造相处机会。在一次学校活动中，萌宝故意让父母一起参与亲子游戏，让他们在互动中逐渐放下心中的芥蒂。同时，萌宝还会耍些小机灵，比如假装生病，让父母不得不共同照顾他，在这个过程中，父母之间的感情慢慢回温。随着复合计划的推进，父母之间的误会逐渐解开，一家人也重新找回了往日的温馨。