《我在女尊王朝当卧底》的故事充满奇幻色彩。男主本是现代特工，意外穿越到女尊王朝。在这里，女尊男卑，女性掌握着社会的主导权。男主为了回到原来的世界，决定在这个王朝当卧底，寻找回去的方法。他凭借着现代的知识和特工技能，在女尊王朝混得风生水起。他结识了王朝中颇具影响力的几位女性，有霸气的女王陛下，她睿智果敢，对男主的才能颇为赏识；还有温柔善良的公主，对男主暗生情愫。然而，男主卧底的身份也逐渐引起了一些人的怀疑，他陷入了一场又一场的危机之中。在不断解决危机的过程中，男主也渐渐融入了这个世界，他在寻找回家之路的同时，也在这个女尊王朝书写着属于自己的传奇故事。