《机灵小不懂国语》围绕不懂和尚展开故事。不懂本是大寺院里的小杂役，他古灵精怪、聪明过人且心地善良。皇帝为整顿教育，派了不懂到了大明朝最高学府——南少林书院任教。书院里的学生们背景复杂，各有心思，有的仗着家世横行霸道，有的一心只读圣贤书却不通世故。不懂来到后，用他独特的教学方法和处世哲学，与学生们打成一片。他以游戏、故事等方式传授知识，让学生们在快乐中学习成长。同时，不懂也卷入了朝廷的权力斗争中，他凭借自己的智慧一次次化解危机。在这个过程中，他与应籽言产生了感情，也和其他师生建立了深厚的情谊，最终不仅让书院焕然一新，也在这一系列经历中实现了自我成长。