《毒枭矮子第二季》延续第一季剧情，继续围绕墨西哥大毒枭华金·古斯曼展开。华金虽身处监狱，但他的毒品帝国仍在运转。他凭借强大的人脉和财力，在狱中遥控指挥毒品交易，不断拓展势力范围。执法部门加大了对他的追捕力度，派出精英团队搜集证据，试图将他彻底绳之以法。华金则一边应对监狱内的各种势力斗争，一边想方设法逃脱。他与律师、家人紧密配合，策划着一次次的越狱行动。在这个过程中，他的家人也面临着巨大的危险，成为了敌对势力的目标。同时，毒品交易引发的暴力冲突不断升级，给当地社会带来了极大的动荡。华金能否成功逃脱监狱，继续掌控他的毒品帝国，执法部门又能否将他一举擒获，成为本季的看点所在。