《黑衣人2》承接前作，故事发生在纽约。K曾是黑衣人组织的传奇探员，因消除记忆后回归普通人生活，而J则继续守护地球，应对外星生物带来的威胁。邪恶的女外星人塞尔玛来到地球，她的目标是找到被封印在地球的蜂后，释放蜂族入侵地球。J在调查中发现只有K能阻止这场危机，于是他找回K并恢复其记忆。两人重新携手，在纽约的大街小巷与外星生物展开周旋。他们不仅要躲避塞尔玛的追杀，还要在有限时间内找到蜂后的封印之处。最终，J和K成功阻止了蜂族入侵，再次拯救了地球，也延续了黑衣人守护人类与外星和平共处的使命。