《银发的阿基多》故事设定在被称为“大破坏”的灾难之后，世界满目疮痍。主角阿基多是拥有银色头发的少年，他拥有特殊能力，却对自己的身世一无所知。在这个充满危险与神秘的世界里，阿基多遇到了少女玛莉艾尔，两人一同踏上寻找真相的旅程。他们在旅途中遭遇了各种危险的敌人，有妄图利用阿基多能力的邪恶组织，也有受“大破坏”影响而变异的怪物。随着冒险的深入，阿基多逐渐揭开自己身世的秘密，原来他的存在与世界的未来息息相关。他必须在不断的战斗与抉择中，找到拯救世界的方法，同时也在这个过程中完成自我的成长与救赎。