《间谍教室》的故事发生在东西两大国持续对立的世界。克劳斯是一名年轻的间谍教官，他接到了一项几乎不可能完成的任务——在短短一年时间内将六位少女培养成顶尖间谍，并执行刺杀敌国元首的“不可能任务”。这六位少女各有特点，莉莉是天真烂漫的少女，有着超乎常人的直觉；罗塔擅长伪装，能轻松变换身份；安洁则是团队中的领导者，冷静且智慧。在训练过程中，她们不断遭遇各种困难和挑战，不仅要学习间谍技能，还要应对来自内部的矛盾和外部的敌人。随着任务的推进，她们逐渐成长，彼此之间的羁绊也越来越深，共同朝着目标前进。