《时光代理人》围绕着程小时和陆光经营的“时光照相馆”展开。表面上这是一家普通照相馆，实际上他们拥有特殊能力，陆光可以通过照片获取拍摄时的时间和地点，程小时则能进入照片世界附身照片中的人，改变过去的一些事情，但有“不能改变过去重大历史走向”的规则限制。 在第一个委托中，他们帮助一位女子寻找失踪的宠物猫。程小时进入照片世界后，发现了背后隐藏的绑架案。随着一个个委托的展开，他们遇到了各种复杂的事件和人物。比如在寻找女明星真相的委托里，程小时因违背规则，导致女明星自杀，引发了一系列严重后果。他们在不断完成委托的过程中，逐渐揭开了一个涉及神秘组织的巨大阴谋，而他们的命运也与这个阴谋紧紧相连。