《四海鲸骑第二季》延续第一季剧情，少年秦羽墨肩负着寻找失踪父亲的使命，继续在海上展开冒险。他与小伙伴阿玉、巴图等人一同踏上新的征程。在这一季中，他们遭遇了更为强大的敌人，神秘的海盗组织对他们步步紧逼，妄图抢夺他们手中的关键线索。秦羽墨等人不仅要应对海盗的攻击，还要解开各种神秘谜题。他们在茫茫大海中漂泊，经历了狂风暴雨、暗礁险滩等重重考验。同时，秦羽墨也在不断成长，逐渐掌握了更多的航海技能和战斗技巧。在这个过程中，他们还结识了一些新的朋友，共同对抗邪恶势力，为了正义和真相而战。