《攻壳机动队2.0》构建了一个未来世界，人类可以将身体与电子机械融合。公安九课的草薙素子是半机械人，她带领团队处理各种棘手案件。此次，他们面临着神秘的傀儡师事件。傀儡师是一个能操控他人电子脑的存在，在网络世界兴风作浪。草薙素子和队友巴特等深入调查，在虚实交织的网络与现实中追踪线索。他们遭遇重重困难，不仅要应对傀儡师的高超技术，还要面对来自政府内部的复杂利益关系和干扰。在不断的探索中，草薙素子对自我存在、灵魂与肉体的关系有了更深思考，最终在一场激烈对决中，与傀儡师展开了关乎人类未来走向的较量。