《机动战士高达UC》的故事发生在宇宙世纪 0096 年，拉普拉斯之乱爆发。主角巴纳吉·林克斯本是一名普通的大学预科生，却因偶然登上拟亚加玛号战舰，被卷入了这场纷争。他结识了神秘少女奥黛莉·伯恩，而奥黛莉实则是新吉恩残党势力的重要人物。 在战斗中，巴纳吉驾驶着独角兽高达，这台机体拥有特殊的 NT-D 系统，能发挥出强大的战斗力，但也伴随着巨大风险。各方势力围绕着拉普拉斯之盒展开激烈争夺，新吉恩残党、联邦军等都想将其据为己有。随着剧情推进，巴纳吉逐渐成长，在一次次战斗中坚定了自己的信念，同时也揭开了拉普拉斯之盒背后关于宇宙世纪宪法的惊人秘密，最终在一系列惊心动魄的战斗后，拉普拉斯之乱得以平息，宇宙迎来了短暂的和平。