《攻壳机动队：崛起3》延续了系列作品对未来世界的深度探讨。故事背景设定在近未来，人类与电子机械的融合达到了前所未有的程度。公安九课成员巴特、草薙素子等人继续肩负维护社会秩序的重任。此时，网络犯罪日益猖獗，出现了一种能操纵人类电子脑的神秘病毒，引发了一系列混乱与犯罪事件。九课在调查过程中，逐渐揭开了一个涉及跨国企业、政府阴谋的巨大谜团。他们不仅要与犯罪分子斗智斗勇，还要面对自身存在意义的哲学思考，在这个科技高度发达却又充满危机的世界中，探寻真相与正义。