《独行月球动画版》延续了电影版的精彩设定。故事发生在未来，小行星来袭，为了拯救地球，人类启动了“月盾计划”。然而，陨石提前来袭，独孤月意外错过了领队马蓝星组织的紧急撤离，一个人落在了月球基地。从此，独孤月开始了他在月球上的“摆烂”生活，他以为地球已经毁灭，自己成了“宇宙最后的人类”。在月球上，他与金刚袋鼠刚子相遇，一人一鼠从最初的敌对，到后来成为相互依靠的伙伴。他们一起在月球上经历了各种搞笑又惊险的事情，独孤月也在这个过程中不断尝试返回地球。动画版以独特的动漫风格，将电影中的精彩情节再次呈现，带来不一样的视觉体验。