《怪医黑杰克剧场版》围绕天才外科医生黑杰克展开。黑杰克没有医师执照，却拥有精湛绝伦的医术，他凭借着一双妙手拯救了无数在死亡边缘徘徊的生命。在剧场版中，黑杰克遭遇了一系列极具挑战的医疗难题。有一次，一位身患罕见疾病的少女被送到他面前，传统的治疗方法对少女的病症毫无作用，黑杰克只能另辟蹊径，他深入研究病症，大胆尝试新的治疗方案。然而，治疗过程并非一帆风顺，中途不断有意外状况出现，黑杰克凭借冷静的头脑和高超的医术一次次化险为夷。同时，他还要应对来自外界对他无照行医的质疑和阻挠。但黑杰克始终坚持自己的信念，那就是拯救每一个生命，最终成功治愈少女，再次展现了他作为怪医的传奇风采。