《宝可梦 遥远的蓝天》围绕着小智等宝可梦训练家展开新的冒险。小智带着皮卡丘等宝可梦来到了一片充满神秘的新区域，这里有着独特的生态环境和从未见过的宝可梦种类。在旅途中，他们结识了新的伙伴，一起面对各种挑战。他们遭遇了邪恶组织的阴谋，该组织妄图捕捉强大的宝可梦来达成不可告人的目的。小智一行人挺身而出，与邪恶组织展开了激烈的对抗。在一次次战斗中，宝可梦们不断成长，小智也更加深入地了解了宝可梦们的内心世界。他们还探索了神秘的遗迹，解开了古老的谜题，最终成功阻止了邪恶组织的阴谋，守护了这片遥远蓝天之下的和平与美好。