《亲爱的药王大人第二季》延续第一季的精彩，故事围绕着陆昭昭与楚之墨展开。陆昭昭依旧古灵精怪，楚之墨则深情依旧。他们在药王谷继续着奇妙生活，却也面临新的挑战。谷中突然出现神秘病症，患者症状怪异，就连药王楚之墨也一时难以找到治疗之法。陆昭昭发挥自己的智慧，与楚之墨一起寻找病因和解药。在此过程中，他们发现这背后似乎隐藏着一个巨大阴谋，涉及到药王谷的过往秘密。同时，两人的感情也在患难与共中不断升温，经历了误会、和解等诸多波折。他们携手对抗阴谋，最终不仅治愈了病症，还揭开了药王谷的神秘面纱，让两人的感情更加坚定。