《我的微信连三界第二季》延续第一季剧情，主角依旧凭借神奇微信与三界产生千丝万缕的联系。在这一季中，主角面临着更为复杂的局面。仙界使者降临人间，要求主角归还误拿的仙界秘宝，否则将降下灾祸。与此同时，魔界势力也蠢蠢欲动，企图利用主角与仙界的矛盾从中获利，派出小喽啰不断骚扰主角。主角一边要应对仙界使者的步步紧逼，一边要抵御魔界的暗中算计。他在人界的好友们也被卷入这场纷争，有的为他出谋划策，有的则直接与他并肩作战。在经历了一系列惊险刺激的冒险后，主角能否化解与仙界的误会，又能否成功击退魔界的阴谋，一切都充满了悬念。