《魔法少女奈叶The MOVIE 2nd As》围绕着高町奈叶和菲特·泰斯特罗莎展开。奈叶在一次偶然中结识了菲特，两人都拥有魔法能力。此时，一股神秘的黑暗势力开始在世界中蠢蠢欲动，他们四处收集神秘的宝石，企图利用宝石的力量达成不可告人的目的。奈叶和菲特决定携手对抗这股邪恶势力。在战斗过程中，她们不断成长，魔法能力也日益强大。奈叶学会了更高级的魔法技巧，菲特则在与伙伴的合作中逐渐打开心扉。她们不仅要面对强大的敌人，还要处理彼此之间的友情和成长中的烦恼。最终，奈叶和菲特凭借着坚定的信念和强大的魔法，成功击败了黑暗势力，守护了世界的和平。