《魔法老师剧场版 ANIME FINAL》围绕着涅吉·史普林菲尔德展开。涅吉是一位年轻的魔法老师，来到麻帆良学园担任英语教师，同时秘密肩负着培养优秀魔法师的任务。在剧场版中，故事进入最终阶段，学园面临着巨大危机。邪恶势力蠢蠢欲动，企图利用强大魔法达成不可告人的目的。涅吉和他的学生们，这群各具特色且拥有不同魔法能力的少女们，团结一心对抗敌人。战斗过程中，她们不断突破自我，发挥出更强大的魔法力量。有的学生克服了内心恐惧，有的则挖掘出隐藏的魔法潜力。最终，涅吉和学生们凭借着勇气、智慧与团结，成功化解危机，守护了学园与和平。