《秦时明月之万里长城》承接上一季剧情，此时天下局势风云变幻，大秦帝国与反秦势力的对抗进入白热化阶段。墨家、儒家等反秦势力在艰难中坚守，他们面临着来自帝国的重重围剿。盖聂、卫庄等高手各为其主，在江湖中掀起阵阵波澜。盖聂带着天明继续躲避帝国追杀，同时教导天明武艺与侠义之道。而卫庄率领的流沙组织，虽行事风格独特，但也在暗中与帝国势力周旋。 这一季中，神秘的阴阳家逐渐浮出水面，他们拥有强大的法术和神秘的力量，成为各方势力都不得不重视的存在。少司命、大司命等阴阳家高手各展神通，与其他门派产生诸多纠葛。此外，长城脚下的故事也逐渐展开，这里汇聚了各方人物，一场关乎天下命运的大战似乎正在悄然酝酿。