在《潜艇总动员5：时光宝盒》中，小潜艇阿力与小伙伴贝贝在海底意外发现了神秘的时光宝盒。这个宝盒拥有穿越时空的神奇力量，却被大反派独眼鲨抢走。独眼鲨妄图利用时光宝盒回到过去，改变历史，让自己成为海洋霸主。为阻止独眼鲨的阴谋，阿力和贝贝踏上惊险刺激的时空之旅。他们先后穿越到恐龙时代、郑和下西洋时期等不同时代，在每个时代都遭遇了各种挑战和危机。在恐龙时代，他们要躲避凶猛恐龙的攻击；在郑和船队时期，又要协助船队解决难题。最终，阿力和贝贝凭借智慧和勇气，成功夺回时光宝盒，拯救了海洋世界。