《超次元游戏 海王星 ~涅普的暑假~》围绕着游戏世界中的女神们展开。主角涅普姬雅，也就是紫之女神，和她的伙伴们迎来了暑假。在这个假期里，她们开启了丰富多彩的夏日生活。涅普姬雅和诺瓦露、黑喵、白娅等好友一起去海边度假，享受阳光沙滩，还进行了各种有趣的水上活动。然而，暑假并非只有轻松玩乐，游戏世界中也出现了一些小危机。有神秘的敌人试图破坏大家的假期，干扰游戏世界的平衡。涅普姬雅她们不得不暂时放下度假的悠闲，化身为强大的女神形态，运用各自的能力去对抗敌人，守护游戏世界的和平。在解决危机的过程中，她们的友谊也得到了进一步的升华，共同度过了一个既刺激又难忘的暑假。