柯南、小兰和少年侦探团等人受邀参加西多摩新建双子摩天大楼的落成典礼。然而，典礼现场却发生了杀人事件，随后大楼内又接连出现神秘的谋杀案和奇怪的爆炸。原来，黑衣组织也盯上了这座大楼，他们的目标是暗杀其中一名科学家。期间，灰原哀因组织的出现而陷入恐惧和不安。在倒计时阶段，大楼被黑衣组织引爆，众人被困。柯南发现两座大楼之间的距离和高度差后，决定利用汽车的冲力和爆炸的冲击力，带着少年侦探团驾车飞跃到对面大楼。最终，在柯南的机智指挥和大家的努力下，他们成功脱险，凶手也被绳之以法。