《归来的手里剑战队忍忍者 忍忍女孩VS男孩 最终战争》是手里剑战队忍忍者系列的特别篇。故事中，手里剑战队忍忍者成员们再度集结，这次迎来了忍忍女孩与男孩之间的最终战争。战队中的女孩们和男孩们因不同理念产生分歧，从而引发了这场内部对决。女孩们秉持着更为细腻、柔和的战斗方式与理念，而男孩们则更倾向于直接、刚猛的战斗风格。在这场战争中，双方都展现出了强大的忍术实力，各种华丽的手里剑技能不断释放。随着战斗的推进，他们逐渐意识到这场内部纷争可能会给世界带来更大的危机，最终他们放下分歧，携手对抗共同的敌人，守护世界和平。