《包青天书院诡事》以神秘悬疑的氛围展开故事。包青天包拯在任职期间，听闻当地著名书院接连发生诡异之事。书院中，学生们时常被噩梦困扰，有人甚至在睡梦中离奇失踪。包拯带着展昭、公孙策等人来到书院调查。他们发现书院的藏书阁有秘密通道，通道尽头似乎隐藏着不为人知的秘密。在调查过程中，包拯结识了书院里聪明好学的书生林羽，林羽也主动协助包拯查案。随着线索逐渐浮出水面，他们发现这一系列诡异事件竟与多年前的一宗冤案有关，背后黑手为了掩盖真相，才在书院制造恐怖氛围。最终，包拯凭借智慧和勇气揭开真相，让冤屈得以昭雪，书院也恢复了往日的平静。