在纽约市的下水道中，四只基因突变的忍者神龟——拉斐尔、多纳泰罗、米开朗基罗和莱昂纳多，渴望能融入人类世界。他们遇到了人类女孩艾普尔·奥尼尔，在她的帮助下，神龟们开始尝试在人类社会崭露头角，希望通过打击犯罪来赢得人类的认可。然而，他们遭遇了一群邪恶变种人的挑战，这些变种人由超级苍蝇领衔，妄图统治世界。神龟们与变种人展开了一系列激烈战斗，过程中他们不断成长，发挥各自的优势。拉斐尔勇猛无畏，多纳泰罗聪明机智，米开朗基罗活泼搞笑，莱昂纳多领导力出众。最终，神龟们凭借团队的力量和坚定的信念，成功击败邪恶变种人，守护了纽约市，也真正走进了人类的生活。