《花溪记》围绕着花小楼与顾尘澜展开一段浪漫爱情故事。花小楼是花溪城花家千金，性格活泼善良、古灵精怪。顾尘澜则是冷峻傲娇的将军。花小楼为了完成祖母心愿，女扮男装进入军营成为军医。在军营里，她与顾尘澜相遇，顾尘澜起初对这个冒失的“小兵”花小楼充满嫌弃，但花小楼凭借自己的乐观和善良，逐渐打动了顾尘澜。两人在相处中暗生情愫，然而花小楼女儿身的秘密也面临被揭穿的危机。同时，他们还要面对外部的战争威胁和朝堂上的阴谋诡计。在一系列的事件中，他们相互扶持，感情不断升温，最终携手化解重重困难，收获了美好的爱情。