《无间道3：终极无间》承接前作，故事在刘健明和陈永仁的无间纠葛后继续展开。刘健明因前作中身份暴露，在接受治疗时被杨锦荣设计，记忆出现混乱，他时而以为自己是好人，时而又陷入过去做卧底的痛苦回忆。杨锦荣表面是警队精英，实则有着不为人知的任务，他在调查刘健明的同时，也在与韩琛的余党周旋。另一方面，陈永仁生前的一些线索逐渐浮出水面，让真相更加扑朔迷离。影片中各方势力相互博弈，充满了反转与悬念。刘健明在精神错乱中不断挣扎，试图找回真实的自己；杨锦荣则在正义与任务之间权衡。最终，所有的谜团在一场激烈的对决中被解开，真相大白于天下。